เรื่องราวของเซย์จิ คิโต้ และผองเพื่อนที่เข้าไปทดสอบความกล้าในตึกร้างแห่งหนึ่ง แล้วถูกจู่โจมโดย “บางอย่าง” ที่มีรูปร่างหน้าตา “เหมือนมนุษย์ แต่ไม่ใช่มนุษย์” ในตอนที่เซย์จิกำลังจะถูกฆ่านั้นเอง เขากลับได้เด็กสาวลึกลับในชุดกิโมโนช่วยเหลือไว้…

ทาสึ ฟรัมท์ เด็กหนุ่มที่อาศัยอยู่ในโบสถ์ละทิ้ง ผู้มีความฝันว่าจะเป็นกัปตันเรือเหาะและเที่ยวรอบโลกกับเพื่อนๆที่อาศัยอยุ่ด้วย เขาได้รับรู้มาว่าที่ต้องแยกมาอยู่ห่างไกลจากผู้คน ก็เพราะว่าเขาเป็นโรคชนิดหนึ่งที่ทำให้เหล็กเติบโตขึ้นมาจากร่างกาย ยังไงก็ตามโบสถ์ก็ถูกโจมตี ทาสึที่เป็นผู้รอดมาได้เพียงคนเดียว ก็ได้รู้ความจริงเบื้องหลังของโรคนั้น และ 6 ปีต่อมาเขาก็ออกเดินทางเพื่อตามหาเพื่อนที่แยกจากกันไป

นี่คือโลกที่ทุกๆคนเกิดมาพร้อมกับ “ตรามอนส์เตอร์” ที่ใช้สามารถควบคุมมอนส์เตอร์และกลายเป็น “มอนส์เตอร์เทรนเนอร์” เป็นเรื่องราวของ “เรน เอลฮาร์ท” ผู้เป็น “สไลม์เทรนเนอร์” กับ “เปมุเปมุ” สไลม์ที่เป็นมอนส์เตอร์ระดับต่ำสุดๆ ในโรงเรียนฝึกสอนมอนส์เตอร์เทรนเนอร์ เพื่อไต่เต้าขึ้นสู่จุดสูงสุด

เรื่องราวของกลุ่มเด็กหนุ่ม-สาว ที่จู่ๆก็ถูกส่งไปทำภารกิจที่ต่างโลก